独干牡丹又叫乔木牡丹、树牡丹，是区别于本是灌木状牡丹的一种栽培形态，其起源是从甘肃陇西一带独杆紫斑牡丹被市场逐渐认可而开始在全国流行的一种观赏牡丹形式。以前中原牡丹中的独干牡丹很少，近几年在菏泽、洛阳也很常见，独干什样锦牡丹尤其受市场追捧，是牡丹欣赏的新热点。独干牡丹有一部分是自然成型，大多是人工定型。人工定型需要多次抹芽、修剪完成。独干牡丹施肥、浇水、喷药等管理的方法与普通牡丹无异。其特殊栽培管理要点如下。一，选苗：独干紫斑牡丹以前主要从实生苗中选择直立型的植株，随着嫁接繁殖技术在紫斑牡丹品种生产中的推广，甘肃紫斑牡丹也有些直立型品种专门用来做独干品种。中原牡丹的独干牡丹大多是独枝凤丹换头嫁接或直立型品种经定向栽培管理而来。
二，抹芽：为保证主干获得绝对的营养和生长优势，对移栽培养的种苗产生的脚芽要及时摸除。对枝条上多余的芽留强去弱，可集中养分促使植株生长更快。
三，定干：紫斑牡丹六年生实生苗定干高度80公分，到十年左右高度公分左右，十五年盛花期观赏高度一般公分以上。中原牡丹生长速度慢，定干高度应该适当增高，以观花期牡丹高度达到一般人平视赏花的视线高度为宜。
四，树干校直：由于受栽植环境密度、光源方向、风向等影响和作用，需要外用木棍、绳索、铁丝等物来对弯曲树干支撑、斜拉进行校直。
五，修剪、定型：每年分多次对病弱枝、重叠枝、细小毛枝进行修剪，最后的定型要求丰满、有层次感、造型美观。
六，移栽：普通大小的植株，为防止新的脚芽形成，独干牡丹移栽后定植深度略浅。
七，冬季清杆：冬季来临时对残花、败叶、徒长枝、无用枝、交错枝进行清理。由于独杆牡丹枝条相对集中，冬季雪荷载过大常常会造成不可弥补的损失。独干牡丹“务劳几十年，花毁一场雪”的事在北方地区常常发生。入冬前的清杆工作能大大降低独干牡丹越冬的风险。
独干牡丹生产圃（一）独干牡丹生产圃（二）独干牡丹选苗定干